[R] R을 이용한 통계 분석 및 데이터 시각화 : 벤 다이어그램

 정보

• 업무명     : R을 이용한 통계 분석 및 데이터 시각화 : 벤 다이어그램

• 작성자     : 박진만

• 작성일     : 2020-03-24

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 내용

[개요]

• R은 통계 분석 및 시각화 등의 기능을 갖춘 프로그래밍 언어 내지 통계 분석 환경입니다. 
  

• 통계 분석 기능으로 통계 검정, 선형 회귀 분석, 시계열 데이터 분석, 클러스터링 등을 지원하고 있습니다.
  

• 또한 최신 논문에서 발표된 같은 새로운 기술도 R로 구현되는 경우가 많습니다.
  

• 특히 시각화 기능으로 히스토그램, 막대 그래프, 선 그래프, 산포도, 나무 모양 그림이나 히트맵 등 기본적인 그래프가 기본으로 지원하고 있습니다.
  

• 또한 ggplot2 등의 패키지를 사용하여 더 높은 수준의 그림을 가시화할 수 있습니다.
  

 

 

[특징]

• 데이터를 이해하기 위해서 통계 분석 및 데이터 시각화가 요구되며 이 프로그램은 이러한 목적을 달성하기 위한 소프트웨어

   

[기능]

• 데이터형 소개

 

[활용 자료]

• 없음

 

[자료 처리 방안 및 활용 분석 기법]

• 없음

 

[사용법]

• 소스 코드 예시 참조

 

[사용 OS]

• Windows 10

 

[사용 언어]

• R v3.6.2

• R Studio v1.2.5033

 

 소스 코드

[벤 다이어그램]

• 벤 다이어그램은 여러 집합의 관계를 시각화 한 그림이다.

• 두 집합의 벤 다이어그램을 표시하는 경우  A, B, A∩B 및 A∪B 등의 4 가지 영역으로 나눌 수 있다.

• 마찬가지로 3 개의 집합의 중복을 표시하면 8 개의 영역으로 나눌 수 있다.

• 집합이 4 개 이상인 경우는 벤 다이어그램을 이용하기 전에 대체 할 수있는 시각화 방법도 한 번 검토하는 편이 좋을지도 모른다. 또한 여러 집합의 관계를 시각화 할 때, 벤 다이어그램 외에 UpSet 플롯 으로 그리는 것이 알기 쉬운 경우도있다.

• 벤 다이어그램을 만들 수 있는 R의 함수로서 gplots 패키지 venn함수 venneuler 패키지 venneuler함수 VennDiagram 패키지 venn.diagram함수 등이 있다.

 

[venn]

• gplots 패키지의 venn 함수를 이용하여 벤 다이어그램을 작성할 수있다.

• 벤 다이어그램을 만들 때 각 집합의 요소를,리스트 형식으로 제공하면 된다.

• 다른 함수에 비해 venn함수에서 만든 벤 다이어그램은 심플하지만, 대신 사용법이 간단하다.

library(gplots)

prot1 <- c("3U5Z", "3PT6", "1MHT", "1SSO", "1H1J", "1RIY")
prot2 <- c("3U5Z", "3PT6", "1MHT", "1T2K")
prot3 <- c("1SSO", "1H1J", "2KI2")
data <- list(A = prot1, B = prot2, C = prot3)

venn(data)

• venn함수로 그린 벤 다이어그램을 PNG 형식으로 저장하면 이미지가 깨질 수 있다. 그럴 때는 아래와 같이 배경을 투명하게 함으로써 해결할 수 있다.

png("venn.png", 300, 300, bg = "transparent")
venn(data)
dev.off()

 

[venneuler]

• 아래는 venneuler함수에서 벤 다이어그램을 그리는 예시이다.

• venneuler를 이용하려면 그룹이 겹치는 부분을 미리 계산할 필요가 있다.

library(venneuler)

A <- c("3U5Z", "3PT6", "1MHT", "1SSO", "1H1J", "1RIY")
B <- c("3U5Z", "3PT6", "1MHT", "1T2K")
C <- c("1SSO", "1H1J", "2KI2")

n.A <- length(A)
n.B <- length(B)
n.C <- length(C)
n.AB <- sum(!is.na(match(A, B)))
n.BC <- sum(!is.na(match(B, C)))
n.CA <- sum(!is.na(match(C, A)))
n.ABC <- n.A + n.B + n.C - (n.AB + n.BC + n.CA)

v <- venneuler(c(A = n.A, B = n.B, C = n.C, "A&B" = n.AB, "B&C" = n.BC, "C&A" = n.CA, "A&B&C" = n.ABC))
plot(v, main = "Overlaps of ABC", col = c("darkgreen", "blue", "orange"))

 

[VennDiagram]

• VennDiagram 패키지에도 벤 다이어그램을 그리는 함수가 준비되어 있다.

library(VennDiagram)

a <- c("3U5Z", "3PT6", "1MHT", "1SSO", "1H1J", "1RIY")
b <- c("3U5Z", "3PT6", "1MHT", "1T2K")
c <- c("1SSO", "1H1J", "2KI2")
data <- list(A = a, B = b, C = c)

venn.diagram(
  data,
  fill = c(3, 2, 7),           # background color
  alpha = c(0.5, 0.5 , 0.5),   # transparency
  lty = c(1, 2, 3),            # border line type
  filename = "venn.tiff"       # file name
)

 

[다음글]

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 참고 문헌

[논문]

• 없음

[보고서]

• 없음

[URL]

• 없음

 

 문의사항

[기상학/프로그래밍 언어]

• sangho.lee.1990@gmail.com

[해양학/천문학/빅데이터]

• saimang0804@gmail.com

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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